金門由於地理環境較為孤立，工業化不發達，環境品質相對良好，環境負擔主要表現在水與廢棄物的處理。儘管閩東南地區快速工業化所造成的環境污染，將可能隨著風向、海流影響金門地區的環境品質，但相對孤立的地理條件仍有助於金門地區保持其自身環境品質，以支持永續性的觀光發展。
金門縣綜合發展計畫（1997），環境生態部門以「維護既有生態環境並提升生活品質」、「保護自然環境」為目標。
提出9項計畫，其中包括由金門縣林務所協辦之「造林暨環境綠化實施計畫」、「林務所擴編計畫」、「環保局設置計畫」，以及由金門縣衛生局協辦之「資源中心回收計畫」、「改善垃圾處理實施計畫」、「環境生態資源資訊系統計畫」、「污染防制計畫」、「環保教育宣傳及訓練計畫」、「海岸保護計畫」。
「金門地區綜合建設方案（2000-2004）」有關環保設施之投資計畫，中央主管機關為行政院環保署，2000-2004年度共計編列1.37億元。發展重點主要在於：空氣品質改善、飲用水管理、廢棄物處理（加強垃圾處理設施設置、資源回收計畫、垃圾掩埋場復育計畫）以及金門國家公園內文化資產與獨特景觀、生態的保護。
在空氣品質改善方面大致可分為兩個 (1) 污染源防制及 (2)推動使用低污染交通工具兩方面。因此方案內容包括：固定污染源、移動污染源、營建工地污染稽查管制計畫。此外亦積極推廣使用電動機車、自行車以取代傳統汽油機車。
廢棄物處理方面，包括 (1)加強垃圾處理設施，如焚化爐、衛生掩埋場之設置、 (2)資源回收計畫之宣導，並結合各家戶、鄉鎮公所、回收商及回收基金之配合及分工，推動金門地區資源回收處理中心之成立運作，以及 (3)垃圾掩埋場復育計畫。
由於各鄉鎮原有之掩埋式簡易圾垃場已達到飽和，急需興建大型現代化垃圾場，以容納地區軍民及觀光客每天所產生之垃圾，經專家學者評估之後建議以興建垃圾焚化爐的方式較為合乎地區整體之需求，其興建地點以金寧鄉賈村為第一優先興建地點。
金門地區垃圾焚化爐建廠計劃，計由行政院環保署補助興建經費新台幣九億二仟餘萬元。在焚化爐環境影響評估，全廠之規劃設計均已完成之後，茲因焚化爐之興建又遭鄰近村落居民強烈之反對，而遲遲未能按預定計畫興建。
金門國家公園為內政部營建署於民國1995年10月18日所設立，其主要目的在於護歷史文化資產與戰役紀念，以及保育自然生態。
為達成保育、研究及育樂之目的，對當地自然資源進行全面調查，計畫內容依中長期包括：
(1)短期：建立完整生態資料及環境監測、維護生物多樣性與資源永續、保育宣導計畫、聚落維護計畫。
(2) 長期：金門國家公園生物多樣性計畫、金門國家公園長期生態研究及環境監測計畫、金門國家公園聚落保存計畫、金門國家公園文物保存陳展計畫，以及金門國家公園解說服務計畫。
金門地區空氣污染現況並不嚴重，列管之主要固定空氣污染源僅32廠家，包含金門酒場、陶瓷製品製造業、引擎發電業、混凝土拌合業等；主要空氣污染源仍為交通工具排放廢氣。
金門縣以往由於缺乏空氣污染檢驗、監測儀器，因此監測業務均採不定期委外進行移動式空氣品質監測，而未能建立完善的空氣品質監測資料庫。目前金門縣已納入環保署天網計畫，將設置一固定式空氣品質監測站，統一由環保署進行資料之監測與分析，將有利於掌握長期的空氣品質變動，並提升金門縣環境品質。
金門縣管理主要固定污染源共32家36個製程，其中以預伴混凝土瀝青製造業最多，共有14家15個製程，其次為電力供應業有6家，惟污染量則明顯地以電廠之污染排放量居首位。
金門縣現有各型車輛約三萬餘輛，為空氣污染的主要來源之一，除了金門公路監理所定期進行車輛檢驗外，環保局沒有任何檢驗設備。目前金門縣加油站供應之柴油含硫量超過標準，因係統由軍方運送，除供戰鬥車輛需要外，也供應船舶、外燃機，（金門縣機動漁船10噸以上19艘，機動舢舨10噸以下25艘，舢舨121艘）因軍方未進口含硫量0.3％之柴油，一般貨（卡）車也使用，雖暫准其販售，已要求改善。
囿於金門幅員暨天然水利條件不足，各主要公共集水湖庫如太湖、榮湖、田浦、擎天等，無法興建於河川上游段以遠離聚落區污染，只能建築於各聚落下游段或河川出海口，各項生活廢水大量直接排放造成湖庫水源污染，使水質成優氧化，嚴重影響淨水廠處理功能及飲用水安全衛生。
依據1998年環保署委託私立崑山技術學院環境工程技術系張穗蘋副教授所做之「水庫監測與集水區污染防治規劃」研究，金門地區水污染之主要來源分別是家庭污水、軍區污水、事業廢水、畜牧廢水、遊憩廢水、垃圾滲出水、非點逕源等七種污染源，其廢污水產生量大小順序如下：非點源逕流＞家庭污水＞軍區污水＞事業廢水＞畜牧廢水＞垃圾滲出水＞遊憩廢水。各湖庫是金門縣公共給水最主要的水源區，近年來由於全島各處之污水均流入各湖庫而導致水源區水質優養化，嚴重影響用水品質。
行政院環保署自2000年起增加金門縣之水質抽驗統計資料，依據其所發布2001年1月至12月飲用水水質抽驗檢驗結果，金門縣不合格率高達31.73%，不合格項目以pH值自由有效餘氯及大腸桿菌群等居多；此一原因可能由於抽驗樣本數較少，且金門縣可能因水源況狀不佳或操作不良常造成pH值及自由有效餘氯二項未符合標準。依據不合格項目來判斷，其原因大抵是部分自來水管線可能遭受到污染，或淨水操作程序有瑕疵。
另有關金門之飲用水水質，金門縣環保局每月亦定期派員抽驗水質，對於當地無法檢驗項目或較難檢驗項目之農藥、揮發性有機物、重金屬等，每年至少送二至二十個水樣至環保署環境檢驗所辦理檢驗，目前尚無發現異常現象。
表2-8-1 飲用水水質抽驗檢驗結果2001年01~12月(單位：件數)
截至2001年8月31日止，金門縣轄區內之水污染源（含養豬業者），共計有311家。其中以畜牧業一（養豬業者）為主要行業（264家），其次為水泥業（10家），其餘各行業以發電廠及金門酒廠稍高。如以排放之承受水體而言，約有80%的廢水均直接排放到海中，故海洋為金門縣轄區內事業水污染源主要之承受水體，共約有250家左右列管事業將廢水排放至海洋。
依據環保署歷年調查，金門縣水污染檢測結果主要為BOD以及COD的大量增加，而此污染源大部份均來自於養豬業，故89年開始對轄區內所有相關業者進行輔導稽查，並舉辦說明會輔導業者申請排放許可證以及說明相關法規及廢水處理設施的裝設使用。根據環保局配合建設局調查資料，目前本縣養豬業者共計264家，分佈情形為烈嶼鄉69家、金寧鄉59家、金城鎮59家、金湖鎮53家以及金沙鎮24家。目前金門地區養豬頭數達200頭以上業者共有25家，但都未超過1,700頭，故只需申請暫時排放許可。而需符合水污染防制法第7條及第9條規定者，為飼養頭數20頭以上，未達200頭者共有148家。
金門縣的水污染源主要為非點源逕流以及家庭污水，污水未經處理直接排放置湖庫或滲透至地下水層，均嚴重影響飲用水安全衛生。水污染的防治除加強檢測與管制工作之外，必須加快污水下水道系統之建設，然此一工程屬於工務局自來水廠業務，因此水污染問題的解決，有賴環保局與工務局共同合作方能有效解決。本規劃將污水下水道系統工程歸納於基礎設施部門，本節僅簡述金門地區污水下水道系統建設情形。
金門地區水污染改善工程，由自來水廠負責規劃及施工，計畫年期自1990年至2003年，總投資額達新台幣十四億五千萬元，詳見表2-8-2。在中央經費的補助下，近程改善計畫已由1990年度至1992年度執行完成，主要內容是將各主污染源截流；目前繼續執行中、遠程水污染改善計劃，規劃範圍包括太湖、榮湖、擎天水庫及田浦水庫等區域，中長程改善計劃係執行各湖庫興建污水下水道系統，以收集並處理污水，引導雨季雨水能排流至各湖庫，使各湖庫所承受之污染負荷量減至最低程度，提高用水品質，相對也可減輕污水對地區環境所造成的環保影響。
金門地理位置正在大陸九龍江口，與廈門市相對，正是大陸新興經濟特區，工廠林立，拆船廠興盛，其工廠廢水污油逕排入江及海，而金門海域完全受其籠罩，嚴重性與日俱增；此外金門縣有80%的事業廢水均直接排放到海中，故海洋為金門縣轄區內事業水污染源主要之承受水體，而輪船航運業也造成浮油污染的現象。目前已執行「金門地區沿岸水質現況調查」，期末報告顯示金門地區沿岸海水鹽度較台灣海峽其他地區低，顯見九龍江所輸出的污水對金門沿岸海域的影響，沿海溪流出海口水採樣皆含有油脂，三個港口均有浮油污染，容氧量較低，顯見海洋污染，亟待專責繼續監測。
除了水質惡化外，自大陸漂浮至金門海灘的垃圾也是一種海洋污染，通常在夏季偏南氣流影響下，來自大陸的垃圾一波波湧進，位於北海岸的慈堤、古寧頭海域首當其衝，這樣的情況將從農曆四月一直持續至八月，直至東北季風吹起為止，不但嚴重破壞海灘的景觀，且其中充斥各種醫療廢棄物，更對遊客的安全帶來亟大的威脅。
金門縣設有五鄉鎮，至2001年七月底人口數為72,770人（含軍方人口），平均各鄉鎮人口密度485人/平方公里；居民平均每人每日垃圾量為0.8公斤/日/人，總計垃圾量全島約61噸。
目前金門縣境內垃圾處理方式，為規劃每一鄉鎮各有一座垃圾衛生掩埋場，各鄉鎮垃圾場處理現況詳見表2-8-3。雖然目前金城鎮赤山、金湖鎮新塘等二座垃圾衛生掩埋場已經啟用；而金沙鎮鵲山垃圾衛生掩埋場興建工程目前已完成規劃，近期將辦理發包施工，金寧鄉則尚在覓地規劃中；惟金城、金湖等二座垃圾衛生掩埋場均已使用多年，其掩埋容量有限，且目前金門本島各鄉鎮現有之垃圾掩埋場皆為租賃之土地，無法作長期性之規劃使用，易造成租賃之時間、租金、用途等困擾；此外目前縣內各鄉鎮垃圾衛生掩埋場雖有即日覆土掩埋，但仍無二級污水處理設施，故垃圾滲出水處理後，尚無法合乎放流水排放標準，容易造成二次公害。因此，為因應未來長期性垃圾處理需求，於公有土地上規劃興建一座大型之區域性垃圾衛生掩埋場，實有其迫切之必要性，以避免未來發生垃圾處理危機。
在資源回收方面，金門縣已委託顧問工程公司執行「金門地區垃圾分類及資源回收規劃」自2002年一月一日起將全面實施垃圾分類及資源回收，初步採行四種大分類：資源垃圾（廢金屬、鐵鋁罐、寶特瓶、紙類）；一般垃圾（廚餘、木繩、布、纖維）；有毒垃圾（廢日光燈管、電池）；巨大垃圾（廢家具、冰箱、電視）。此外亦加強各級學校有關垃圾分類及資源回收教育及觀摩活動。
金門縣的五座垃圾衛生掩埋場均有進行垃圾分類工作，而金門縣目前共有世清環保有限公司、塏怡有限公司、金榮廢品收購站、鄭常吉環保金屬資源回收站四個回收站進行資源垃圾及巨大垃圾的回收。近年各類垃圾每年平均回收量，在資源垃圾方面，廢金屬（含廢鐵、鋁、銅）約1,200公噸；鐵鋁罐約150公噸；寶特瓶（含其它塑膠容器）約120公噸；紙類約800公噸。
金門縣列管之主要固定空氣污染源僅14廠家，對空氣品質的影響有限，而交通工具排放廢氣乃為主要空氣污染源，整體而言金門地區的空氣污染情形並不嚴重，但空氣污染為重要的生活品質指標，一旦空氣品質惡化，將降低金門縣的環境品質競爭力，且必須花費更多的成本來解決污染問題，因此長期的空氣品質監測有其必要性。金門縣以往由於缺乏空氣污染檢驗、監測儀器，因此監測業務均採不定期委外進行移動式空氣品質監測；目前金門縣已納入環保署天網計畫，將設置一固定式空氣品質監測站，未來將由環保署進行監測及資料分析工作，建立完善的空氣品質監測資料庫。
囿於金門幅員暨天然水利條件差，因此對水資源的需求十分殷切，主要利用湖庫蓄水，各主要公共集水湖庫如太湖、榮湖、田浦、擎天等，而這些集水湖庫大多散落摻雜於聚落之間，無法遠離聚落區污染，各項生活廢水大量直接排放造成湖庫水源污染，使水質成優氧化，嚴重影響淨水廠處理功能及飲用水安全衛生。
在水污染防制方面，環保局目前主要業務在於針對事業廢水及畜牧廢水的檢測及稽核，然以往之檢測資料並未經過系統性之整理及分析，無法掌握長期性之水污染變動情形，未來應依據排放標準定期公告檢測結果，並發展監測資料庫，建立水污染預警系統。此外可積極加強輔導、取締等後續管理工作，以及配合教育宣導工作，建立起民眾對水污染防制的觀念。針對污水處理部分，目前仍仰賴污水下水道系統加快建設方能有效解決，然此污水下水道工程之推動屬自來水廠業務，目前業已完成部分污水處理廠、抽水站之建設，但後續之家戶接管工程推動進度則相當緩慢，此一部分將於基礎建設部門詳細說明。
大小金門為島嶼地形，因此與海洋的關係密不可分。海洋污染通常不易為人們所感知，然而其所潛在的災害危險性卻極大，若無法有效地預防與管制，則當污染惡化時，將對生態及環境品質造成直接的破壞，除了必須付出更大的成本進行整治外，也間接影響金門地區未來的觀光發展。
海洋污染乃為區域性問題，其污染源除了來自金門本島外，更受到大陸沿海地區污染源之影響，由於金門地理位置正在大陸九龍江口，與廈門市相對，正是大陸新興經濟特區，工廠林立，拆船廠興盛，其工廠廢水污油逕排入江及海，而金門海域完全受其籠罩，嚴重性與日俱增。
金門縣（不含烈嶼鄉）各鄉鎮有一小型垃圾衛生掩埋場，目前金城鎮赤山、金湖鎮新塘等二座垃圾衛生掩埋場已經啟用，惟二座垃圾衛生掩埋場均已使用多年，其掩埋容量有限，而金沙鎮鵲山垃圾衛生掩埋場興建工程目前已完成規劃，近期將辦理發包施工，金寧鄉則尚在覓地規劃中；且目前各鄉鎮現有之垃圾掩埋場皆為租賃之土地，無法作長期性之規劃使用，易造成租賃之時間、租金、用途等困擾。
金門由於地理環境較為孤立，工業化不發達，環境品質相對良好，環境負擔主要表現在水與廢棄物的處理。儘管閩東南地區快速工業化所造成的環境污染，將可能隨著風向、海流影響金門地區的環境品質，但相對孤立的地理條件仍有助於金門地區保持其自身環境品質，以支持永續性的觀光發展。
金門幅員暨天然水利條件差，需依賴各公共集水湖庫蓄水，然而各項生活廢水未經處理直接排放至湖庫或滲透至地下水層，造成湖庫水源污染，使水質成優氧化，不僅嚴重影響淨水廠處理功能，並且直接危及飲用水安全衛生。水污染情形呈惡性循環，必須透過「改善設施」的直接投入以及例行性「檢測、稽查」工作的執行方能有效改善。
廢棄物處理方面，金門縣現有之鄉鎮垃圾衛生掩埋場均為租賃之土地，惟受限於地主任意調漲租金及附加使用限制等不合理要求，使得垃圾處理工作遭遇瓶頸，無法做長期規劃使用之困境，且新設垃圾掩埋場時往往面臨土地取得困難、引發民眾抗議等問題。為解決廢棄物處理問題，應朝向於公有土地規劃垃圾最終處理場地。
此外，依據目前所提擬之廢棄物最終處理構想包括：區域垃圾掩埋場、焚化爐、焚化船、運往大陸地區處理。惟四個構想均仍有條件限制，需綜合考量經費、土地取得、執行操作及金門縣發展特性，進行廢棄物最終處理方式之研究規劃。
金門與大陸地區地理位置相當近，諸如空氣、海洋的污染都屬於區域性問題，彼此互相關連影響，大陸沿海新興工業的發展對金門地區環境品質造成負面影響的疑慮確實存在，因此在環保工作的推動上不僅考量金門地區，更要能因應閩東南地區之發展，首先建立一致的環境監測指標體系，並謀求未來兩岸共同維護區域環境品質的可行辦法。
此外，金門縣未來除了繼續提升居住環境品質外，為了提升整體競爭力及朝向觀光發展，應及早正視隨著社會發展所衍生之垃圾處理、交通工具空氣污染等問題，積極推廣並深化環保意識，使民眾瞭解環境保育之重要性，並配合政府政策之推動，方能防範未然。
湖庫污染主要由於地表逕流、各類生活廢水直接排放及海潮侵襲造成鹽化原因，為有效解決湖庫污染問題，首先應全面進行之排水、集水調查，並推動污水下水道系統之建設。目前環保局雖已依法劃設飲用水水質保護區，但其範圍之劃設多以湖庫周圍之道路中央線、山丘稜線為邊界，對湖庫污染防治並無法發揮實際效用，依據2000年2月23日金門縣政府召開「劃定自來水水質水量保護區權責認定協調會」做出決議，應由建設局依自來水法第十一條規定負責辦理有關自來水水質水量保護區之劃定，以有效管制土地開發所造成之水污染。
家庭污水、非點源逕流為金門地區之主要水污染來源，而此兩項污染源必須仰賴污水下水道系統之建設方能有效解決。金門地區水污染改善工程，由自來水廠負責規劃及施工，計畫年期自1990年至1993年，近程改善計畫已由1990年度至1992年度執行完成，目前中長程計劃興建各湖庫污水下水道系統繼續執行中。
除加強事業機構及畜牧業污染源稽查之例行性工作外，為因應引進大陸飲用水政策，應提昇自來水水質檢驗能力，以保障飲用水安全。
金門地區目前並未有明顯之空氣污染現象，但背景值深受大陸沿海一帶工廠污染影響甚大，應與大陸環保單位相結合共同維護金門地區及大陸沿海一帶之空氣品質。然而金門縣環保局缺乏執行空氣品質監測之設備與人力資源，為維護金門地區的空氣品質，金門縣目前已納入環保署天網計畫，將於金門縣設置空氣品質監測站，以進行長期、常態性紀錄監測。
海洋污染乃為區域性問題，其污染源除了來自金門本島外，更受到大陸沿海地區污染源之影響，由於金門地理位置正在大陸九龍江口，與廈門市相對，正是大陸新興經濟特區，其工廠廢水污油逕排入江及海，而金門海域完全受其籠罩，造成潛在之災害危險性，對生態及環境品質造成直接的破壞，也間接影響金門地區未來的觀光發展。未來應配合閩東南地區海洋監測指標，積極執行海洋污染監測工作。
建議與閩東南地區協調共同一致的空氣、海洋監測指標，並積極辦理兩岸環境基本調查及研討會等交流活動，以共同謀求解決對策，維護金門及閩東南地區之環境品質。
[1]目前所提擬之廢棄物最終處理構想包括：區域垃圾掩埋場、焚化爐、焚化船、運往大陸地區處理。惟四個構想均仍有條件限制，需加以評估後方能有效解決金門廢棄物處理問題。
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處理方式 |
說 明 |
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區域垃圾掩埋場 |
環保署已編列2002年度規劃經費，目前覓得一公有地且已完成撥用程序，惟該筆土地位於金門國家公園一般管制區內，受限於土地使用限制。 |
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焚化爐 |
1996年環保署頒佈「鼓勵公民營機構興建營運垃圾焚化廠推動方案」，惟焚化爐興建工程招商不易，且興建及日後之操作維護成本相對較高，將對地方政府造成財政壓力。 |
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焚化船 |
目前中央並未有相關政策推動，且焚化船在技術上尚不成熟，可能造成海洋污染。 |
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運往大陸地區處理 |
需與廈門環保局及相關單位共同研擬可行之合作管道。 |