朴子原名樸仔腳，緣由傳說於康熙13年，有一布袋半月庄（今貴舍里）住民林馬，恭迎福建湄洲聖母回途經過牛稠溪（今朴子溪）南岸時，在樸仔樹下（今配天宮所在地）休息，並奉神意指示，要停居此地顯化濟世，惠施群黎，因神威顯赫，參詣者日增，逐成一村落，後因此樹而命名為樸仔腳，日據後才改稱「朴子街」。據乾隆12年《續修台灣府志》載：「樸仔腳街，舊為猴樹港街，今更名。」可知此名亦是乾隆中葉才開始。共時為牛稠溪出海的河口聚落，是諸羅縣通海的外港，非常繁榮；以後溪口淤淺，才被今東石港所取代。
滿清時代置安撫局，隸屬台南府嘉義縣大糠榔西堡，當時縣令任命本地人士黃星華為團練局長，掌理朴子地方行政、司法；民國前17年 3月（西元1895年），日本人改其為辦務署樸仔腳支署；民國前11年（西元1901年）成立樸仔腳區役場，隸屬嘉義廳；民國 9年10月地方制度成立朴子街役場，隸屬台南州東石郡（當時之東石郡轄有現在朴子市、東石鄉、布袋鎮、義竹鄉、鹿草鄉、太保市、六腳鄉等七鄉鎮市，郡址即現在樸仔腳－朴子）；台灣光復後隸屬台南縣東石區（轄現在朴子市、東石鄉、布袋鎮、義竹鄉、鹿草鄉、六腳鄉等六鄉鎮市，區署地址即現在朴子市光復路朴子警察分局辦公廳）；民國35年 1月成立朴子鎮公所，隸屬台南縣；民國39年10月行政區域調整，改隸於嘉義縣至現在。
民國78年嘉義縣政府遷建太保鄉台糖東勢寮農場，新縣治各單位辦公大樓紛紛施工興建，太保鄉則依據「台灣省各縣市實施地方自治綱要」第 7條第一款（縣政府所在地得設縣轄市）之規定，奉准改制為縣轄市，該鄉積極籌劃改制事宜。鑑於「嘉義新縣治所在地都市計畫」係位於太保鄉與朴子鎮之間，前任鎮長黃明樹及地方各級民意代表、各界士紳，紛紛奔走，積極爭取與太保鄉併案同時改制為縣轄市，朴子鎮民代表會第13屆，第 5次定期大會議決成立促進委員會，並與鎮公所及各界委員代表議決編印「綜合意見書」陳報台灣省政府，唯未被核准。迨至第11屆王朝榮鎮長，協商當時之縣長、省議員、立法委員，積極以行動爭取，業經當時省府民政廳余廳長鼎力協助建言「擴大解釋新縣治範圍，縣議會與縣政府同為地方自治團體，縣議會為意思－議事機關，縣政府為執行－行政機關，兩者關係有如車之兩軸，鳥之兩翼，相輔相成，實為縣地方自治團體之一體兩面，共策自治事業之推行，所以縣議會所在地朴子鎮亦可廣義解釋為縣政府所在地」。民國81年 6月 9日，嘉義縣政府依據台灣省各縣市實施地方自治綱要第10條（鄉鎮縣轄市之設置，由縣政府提請縣議會通過後，陳報省政府核定）之規定，提案「擬將本縣朴子鎮，改制為縣轄市」，經嘉義議會第12屆第 8次臨時會議議決通過，報奉台灣省政府民國81年 8月24日（八一）民一字第171691號函核定。